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Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda ! - Bioinfo-fr.net
La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. […]
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler - Bioinfo-fr.net
TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien […]
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Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique - Bioinfo-fr.net
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont […]
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Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython - Bioinfo-fr.net
La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement ? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les […]